1. 分子生物研究室-基礎醫學研究為主，主要研究方向為分子生物學 
2. 臨床分子醫學研究室-主要研究方向為臨床分子醫學與生物醫學材料相容性，
3. 基礎分子醫學研究室-主要研究方向為基礎分子醫學
4. 口腔免疫暨組織研究室-本研究室除牙週病之研究外，主要研究方向亦包括口腔免疫學等方面之探討。 
5. 流行病學研究室-主要研究方向牙科公共衛生與流行病學研究。
6. 細胞生物研究室-基礎醫學研究為主，主要研究方向為細胞生物學。
7. 癌症暨幹細胞研究室-基礎與臨床癌症醫學研究並重，主要研究方向為癌症幹細胞研究與探討。

材料相關研究室

1. 1口腔材料研究室I-主要研究方向為物理性測試及電化學腐蝕試驗等研究。
2. 口腔材料研究室II-主要研究方向為鑄造、研磨 、切割及融烤性等相關之研究。
3. 陶瓷研究室-主要研究方向為陶瓷材料等研究。

特殊實驗室

1. 生物安全第二級實驗室-生物安全第二級實驗專用研究室。本研究室嚴格管制人員進出，刷卡電腦並立即記錄進入時間以確保使用上之安全。
2. 貴重儀器室-配置公用、貴重的各項儀器設備，以利師生使用。